不少果农常常忽视根部病害的防治，致使果树的产量受到严重影响。据调查，凡是单一施化肥多、土壤黏重板结的果园发病重。
一、根部主要病害种类
⑴圆斑根腐病。危害仁果类、核果类果树；⑵生理性烂根。排水不良的黏质地，含盐量过大、地下水位太高的果园易患此病；⑶根钙病(蘑菇根腐病)。主要危害梨、苹果、山楂、杏等果树；⑷白绢病。该病在沙滩地、土壤黏重、排水不良的果园易发生，仁果类、核果类果树均有发生。
二、防治措施
⑴增施有机肥或使用抗生菌肥及饼肥，如黑帝腐植酸生态有机肥、神夫牌豆粕生物有机肥等，以增强树势，提高抗病能力；⑵及时排除积水，合理灌概，防止果园土壤过干或过湿；⑶切除病根，消毒晾根，换上新土。用速补一硼钼镁锌钙高浓缩氨基酸肥5倍液涂刷树干和主枝，连刷2-3次，间隔15天左右；⑷病根和土壤药剂消毒。用立杀菌500倍液灌土壤，防治圆斑根腐病、根钙病、白绢病。对重病树用上述药液灌根。 
果树越冬后枝干失水干枯的现象叫抽条。抽条的主要原因是低温冻害和植物组织失水所造成的，生产上多在以下情况下发生：一是抗寒性较差的树种和品种；二是树体生长过旺或过弱，组织不充实、不成熟，保护组织发育差；三是树体受病虫危害和机械损伤；四是树体贮藏营养不足，根系发育不良，吸水不足。抽条在幼龄果树上发生比较普遍，尤以苹果中的金帅、青香蕉和大樱桃、葡萄、核桃、石榴等幼树为Zui重，给果树生产带来严重损失，必须注意加强防护。
一、适地适树栽植时要选用抗寒树种及品种，尤其在冬季温度较低而又干旱的地区更应注意。
二、合理间作既要防止间作高秆作物，造成树体光照不良、营养积累少，又要防止间作秋菜时浇水过多，造成幼树贪青徒长，组织不成熟。
三、秋控肥水在秋季幼龄果树管理中，要尽量少施氮肥，多施有机肥及磷钾肥；量持续浇水，以利新梢及时停长。
四、减少伤害管理时防止机械损伤，特别注意保持树干。秋季防治枝干上的虫害，重点是消灭叶蝉，保护树皮免遭大绿叶蝉在枝干上产卵危害。
五、浇水覆草为促使枝条充实，在夏秋生长季节可对果树徒长枝及早进行摘心，或入冬前剪掉不成熟的枝梢，对易抽条的树种、品种搞好防护措施，浇好果树越冬水，有条件的地方可进行地面覆草，以减少水分蒸发。
六、涂油缠膜冬季封冻后，在新栽的幼树主于涂抹动物油（如熬好的猪油等），在树干上缠塑料膜，于翌年4月前解除，可抑制树体水分蒸发，能有效地防止抽条。
七、喷保护剂没有覆草缠膜的幼树，于冬前11月及早春23月，喷5倍石蜡乳化液，或150倍羧甲基纤维素等保护防冻剂23次，以封闭枝条气孔，减少水分散失，预防幼龄果树抽条。
八、受冻处理对受冻果树，要加强土壤管理，施氮肥促新梢前期生长；修剪时除剪去冻死部分外，尽量轻剪，对徒长枝摘心，以尽量保留多的叶面积；及时防病虫，并喷洒抑制剂，避免受冻；对受冻的伤口，要涂福美砷消毒治疗；对根茎受冻的果树，应进行桥接或根接，以恢复树势。